Il 13 maggio 1981, pochi minuti dopo essere entrato in piazza San Pietro per un'udienza generale, mentre si trovava a bordo della sua Papamobile scoperta, Karol Wojtyła fu ferito gravemente da due proiettili sparati da Ali Ağca. Soccorso immediatamente, fu sottoposto ad un intervento di 5 ore e 30 minuti, riuscendo a sopravvivere
Sono le 17.17 Ali Ağca ha colpito il pontefice con due proiettili esplosi da una pistola Browning calibro 9 da una distanza di tre metri e mezzo. Il primo proiettile ha raggiunto il papa all'addome, ha attraversato l'osso sacro, è uscito dai lombi, ha sfiorato lo schienale della Fiat Campagnola bianca e ha colpito al torace la pellegrina americana Ann Odre, alla quale verrà asportata la milza. Il secondo proiettile ha fratturato l'indice della mano sinistra del pontefice, gli ha ferito di striscio il braccio destro appena sopra il gomito e ha colpito al braccio sinistro un'altra turista statunitense, Rose Hall.
In ambulanza il papa è assistito dal suo medico personale, Renato Buzzonetti. Privo di conoscenza, è portato in sala operatoria. Il polso è quasi impercettibile. Riceve l'unzione degli infermi dal segretario particolare, don Stanislao Dziwisz. L'anestesista gli toglie l'anello dal dito. Malgrado la perdita di tre litri di sangue stia per provocare la morte per dissanguamento, il cuore regge. L'intervento è portato a termine con successo. (Giacomo Galeazzi, Ferruccio Pinotti)
Dimesso dal Policlinico Gemelli il 3 giugno, viene di nuovo ricoverato il 20 dello stesso mese per una grave infezione. Il 5 agosto i medici del Gemelli lo operano ancora. Dal 14 agosto al 30 settembre il papa trascorre la convalescenza a Castel Gandolfo.
Attentato al Papa mercoledì 13 maggio 1981 ore 17:17