La storia è ambientata nel 2052, quando le nazioni Federali della terra vivono un periodo di pace e si sono distribuite in gran parte dei pianeti del sistema solare. Sulla terra si sono sviluppati nove centri di ricerca, per la difesa e lo sviluppo tecnologico.
Ma una minaccia incombe sul nostro sistema solare. Il pianeta "Gotham" è stato risucchiato da un Buco Nero e la sua popolazione ora cerca un pianeta abitabile.
Non facendosi scrupoli attaccano le stazioni orbitanti, uccidendo una buona parte della popolazione terrestre.
Il professor Kusaka, uno dei maggiori scienziati della terra, organizza un incontro con i membri dei nove centri di ricerca, per discutere il problema, ma proprio mentre stanno parlando subiscono un attacco da parte degli alieni
Le sue ultime parole sono "Blue Noah". Il giovane Makoto, parte insieme ai suoi amici Hiroshi, Mishiro e la bella Kei per la base scientifica situata alle isole Hawaii e qui trovano un enorme sottomarino che si mette in funzione con il ciondolo e alle parole "Blue Noah".
Nel frattempo arriva un altro sottomarino, lo Sheila guidato dal comandante Domon (il padre di Key) e si aggancia alla Blue Noah, il quale aumenta di dimensione e di potenza, diventando così un'enorme macchina da guerra.
Blue Noah sigla completa
